Năm 1802, sau khi vua Gia Long phục quốc, cụ Nguyễn Khoa Minh ở Vĩnh Long trở về Huế, và còn bận nhiều công việc nhà nên mãi đến năm Gia Long thứ 3 cụ mới ra nhậm chức Hàn lâm viện Thị thơ. Đến năm thứ 15, được thăng chức Tham tri Bộ Công. Qua trào Minh mạng thứ 6, thăng chức Thượng thơ Bộ Hình. Vì tánh cụ hiền lành, không ưa làm việc ngành hình luật, nên có sớ tâu xin từ chức ấy.
Không may hồi mới nhận chức tại Bộ Hình, cụ có làm một cái án tên cường đạo đáng tội chém mà lòng cụ bất nhẫn, làm nhẹ xuống tội đày. Sau đó có kẻ xoi bói nên cụ bị lỗi thất xuất và phải giáng xuống Tu soạn là chức hành tẩu phòng Văn thư của vua.
Khi cụ ở Phòng Văn thư thì vua thường hay nói chuyện thi văn với cụ, và nhận thấy cụ học rộng nhớ nhiều. Năm thứ 8, vua ban cho cụ hàm Thị lang và bổ ra làm việc Tảo hộ ở Hà Nội. Năm sau đổi vào Gia Định. Thời ấy ở Nam Kỳ, giặc ông Khôi đã yên rồi mà sự bắt bớ những kẻ tình nghi đồng lõa chưa chấm dứt. Người ở trong xứ ấy than phiền khổ sở lắm. Cụ biết rõ tình hình như thế, làm sớ điều trần kỹ càng xin vua đem lượng Khoan hồng mà tha thứ cho tất cả mọi người lâu nay bị bắt bớ giam cầm theo khoản ấy. Mục đích là đắc nhân tâm, cho dân khỏi sinh lòng phản trắc. Đồng thời cụ cũng xin đặt một ngạch lính có tập luyện cho thành thạo việc chinh chiến, vì thời bấy giờ chỉ có một ngạch lính giản nhưng sự thật chỉ biết hầu trà hoặc gánh võng mà thôi. Vua chuẩn y mọi đề nghị của cụ. Nhờ vậy dân miền Nam được an cư lạc nghiệp không bị nạn tù tội chém giết như trước.
Một ngày kia, vua ban dụ ngợi khen và thưởng cụ một đồng kim tiền Phi long hạng lớn, 10 cây vàng vì có cụ biết đường can gián. Lại thăng cho cụ chức Biên Đại học sĩ, sung Cơ mật Viện Đại thần, kiêm Hàn lâm viện Khâm thiên giám. Năm thứ 16, gia cung hàm Thái tử Thiếu bảo.
Qua năm thứ 18, vua ngự vào Quảng Nam, cụ đi theo hầu về thì bị đau, xin nghỉ một hai tháng. Vua ban thuốc uống và thức ăn ngự dụng, có châu phổ khuyên cụ gắng mà uống thuốc cho mau lành. Đến ngày 21 tháng 8 cụ mất.
Vua ban cho 4 cây gấm, 10 cây lụa, 10 cây vải, 50 cân sáp vàng, 500 cân đậu phụng và 800 quan tiền để lo việc đám. Vua lại truyền tổ chức quốc táng để tỏ tình vua trọng vọng đại thần.
Đời sống của Ngài lo là công việc; từ việc nước dưới đến việc nhà, cho đến việc Họ, việc làng đều mỹ mãn. Ngài cho xây dinh, làm chợ cho làng An Cựu, xin đất Đại Càn, Thổ Lư và Bạch Giá cho làng.
Xưa nay, người làng An Cựu ai cũng nhớ công ơn Ngài. Năm Thành thái thứ 6, làng có tất cả ba sào ruộng tế hạng nhất cúng làm hương hỏa cho Ngài. Đến trào Khải Định, làng lại cúng thêm hai sào cho luôn một đạt. Giấy trích lục ruộng ấy tuy là tài sản của Họ, nhưng xưa nay vẫn lấy hoa lợi mà lo kỵ Ngài với Bà (vào ngày 11 tháng 8 và ngày 21 tháng 8 âm lịch). Sinh thời, cụ có biên soạn quyển Khâm định Tiểu bình Lưỡng kỳ Khấu phương Lược, bản chữ Hán in đời Nguyễn, ký tên Nguyễn Khoa Minh, do Trương Đăng Quế tổng tài.
Thảo am Nguyễn Khoa Vy phụng ký
(ông Nguyễn Khoa Sỹ sao lại)
